为方便不同高度的车辆，城门隧道人手收费亭將设置上下两组智能卡阅读器。每组智能卡阅读器附有两个读卡器，其中一个支援八达通卡，另一个则支援由香港本地银行发行並以非接触式交易的Visa、Mastercard或银联信用卡。读卡器上会標示所支援的智能卡，驾驶人士可於相应的读卡器上拍卡缴付隧道费。