日本陆上自卫队在西南方向岛屿上建立的又一个军事基地。作为“加强西南诸岛防御”的重要举措，日本自卫队先是在与那国岛建立基地，派驻了负责收集情报的沿岸情报监听部队，之后又在宫古岛部署防空导弹和岸舰导弹部队以及警备部队。而今启用的石垣岛基地将常态化部署570人，分警卫部队和导弹部队。导弹部队配备12式岸舰导弹以及03式中程地对空导弹，构建“打击敌方基地”的能力。