科技部长期以来高度重视推动内地与香港的科技创新合作，尽全力开展更务实、更全面、更深入的科技交流与合作，科技合作基础扎实而且成果丰富。主要合作内容包括：在基地建设方面，已协助香港建立了16家国家重点实验室香港伙伴实验室、建立了6家国家工程技术研究中心香港分中心。在项目研究方面，2006年至今，已核准472位香港科研人员参与了国家科技计划课题的研究工作。在人才交流方面，香港科研人员入选国家科技计划专家库的人数已达192人。在科技奖励方面，2016年，香港科研人员完成或主要参与完成的项目共获得国家自然科学奖6项、国家科技进步奖5项，其中有3项国家自然科学奖为第一完成人。从数字上看起来，香港科技人员已经和内地科技人员融为一体。