入住期间，运动员每天要自主采集唾液样本进行核酸检测。奥运村内专门设立了发热诊所和密切接触者隔离诊所。发热的运动员将立刻被送往发热门诊进行检测，若结果显示为阳性，将按照症状的轻重程度，或被送往医院接受治疗，或被送往指定酒店接受隔离。奥运村内设置了大量有关防疫的警示标志，消毒液等准备充分。据工作人员介绍，每个代表团入住时，东京奥组委将会给每人发放一个防疫包，里面配有消毒液、消毒纸巾和防疫提示。