2016年，两岸关系发展因台湾内部政局的变化而出现重大变数，但是因为大陆应对得宜，使得摇摇欲坠的两岸关系避免了毁坏性的动荡，维持了相对的平稳。

　　2016年1月16日，台湾选举结果，国民党大败，蔡英文当选，台湾第三次政党轮替；民进党“立委”席次也单独过半，主张“台独”及不承认“九二共识”的民进党实现完全执政，两岸关系和平发展前景出现重大变数。国台办负责人随即强调，继续坚持“九二共识”，坚决反对任何形式的“台独”分裂活动；强调在维护国家主权和领土完整的重大原则问题上意志坚如盘石，态度始终如一；重申愿意与所有认同两岸同属一个中国的政党和团体加强接触交流。对于蔡英文5月20日就职演说，虽然蔡政府和民进党都认为已向大陆释出最大善意，但大陆认为蔡英文的演说刻意回避了两岸关系的性质问题，“是一份没有完成的答卷”。