对於香港近几年出现的乱象，王光亚认为，“一国两制”是一个全新的事业，前无古人，没有现成经验。在实践过程中出现一些新情况、新问题、新挑战是很正常的。他强调，香港的制度是基本法规定的，与內地的制度有很大的差异，但“一国两制”的设计本身就是对这种差异的包容。祗要“一国”的原则不被破坏，“两制”的差异是完全可以得到包容尊重的。

　　提到有关“港独”的问题，王光亚强调，“港独”、“自决”不仅挑战了香港的法治底线，危害了香港社会的繁荣稳定，而且严重衝击了“一国两制”的原则底线，这已不单是特区的事务，更是中央管理的事务。遏制触碰“一国两制”底线的行为，是中央的责任，如果任其发展，就会破坏“一国两制”的基础，就会损害香港的长远利益，就是失职失责。