新冠病毒起源的一直是科研人员研究的重点，但新冠病毒起源阴谋论——新冠病毒是人为操纵或合成的说法甚嚣尘上。4月21日世卫组织发言人驳斥新冠病毒起源阴谋论，23日世卫组织通过其每日疫情报告再度强调，所有已知证据表明，新冠病毒源自自然界动物，而非人为操纵或由实验室合成。

世卫组织报告称，2019年12月武汉报告人类感染新冠病毒病例后，1月11日至12日新冠病毒全基因组序列对外公布并共享。此后，来自早期感染病例的病毒全基因组序列以及世界其它地方获得的病毒全基因组序列均表明，新冠病毒的进化可追溯至蝙蝠种群。