因应新型冠状病毒肺炎疫情升高，蔡英文政府持续强化入境管制，2月4日疫情中心决议“入境前14天曾停靠中港澳地区港口的邮轮，不得停靠“我国”港口。”金马小三通客运航线前虽已采取减班措施，惟据“内政部移民署”初步统计，2月1日至5日，金门小三通平均每日入境数约425人次、马祖28人次，主要为经小三通中转之国人。为强化防疫，疫情中心决议暂停小三通客船往来，视疫情状况再评估复航。