特区政府第一时间因应最新资讯和评估而采取了行动，可以说是分秒必争。在内地当局作出有关肺炎情况通报的当日下午，卫生署卫生防护中心便发出新闻公报，称政府会密切监察，亦提出市民需要采取的预防措施。随后，食物及卫生局局长陈肇始也采取了一些列行动，包括听取专家意见、会见传媒交代情况、召开跨部门会议等。1月4日，特区政府公布了相关的应变计划，并同时启动了在应变计划中的“严重”级别，后成立了一个由食物及卫生局局长陈肇始领导的督导委员会，统筹各方的应变工作。