美台南海军事合作是民进党当局南海政策的重要内容。民进党一直在南海议题上试图剥离与中国的联系，谋求建立“去中国化”或“台湾化”的法律论述，早就提出“南海议题三阶段论述”。据此，民进党当局不断模糊南海岛屿范围和历史、地理依据，淡化U型线性质，坚持按照国际海洋法公约解决争端，重视航行和飞越自由，将太平岛打造成“人道救援”和“灾害防救”的前置基地，逐渐趋向美国的南海政策，等等。