在台湾面临的经济挑战中，马英九特别谈到核能发电及再生能源。马认为，电力对经济发展相当重要，虽然他极力推动再生能源，但是也无法取代24小时运转发电的核能，连遭受核灾影响的日本已陆续恢复核电厂运作，全世界也越来越多国家建兴建核电厂，可见反核时代已过，但落实全民节能减碳更是当务之急。