回归以来香港与內地在科研领域的交流合作不断深化。科技部数据显示，2006年至2014年间，有472名香港科研人员参与973计划、863计划等143项国家科技计划课题的研究工作，其中课题负责人43名。

　　在过往机制下，香港与內地即使参与同一研究项目，在研究经费的申请上却是各自负责。譬如，香港的研究团队即使成功申请到自然科学基金的项目，经费却仍由香港特区政府及香港研究资助局拨发，数额往往比內地少很多，对於大型研究项目来说远远不够。