在两岸经贸合作方面，高孔廉说，1999到2008年之间，台湾错失大陆经济起飞的黄金时刻；之后，台湾与大陆也错失產业分工合作的机会，使两岸在经贸上逐渐走向竞爭关係。

　　至於在岛內引起较大爭议的服贸协议，高孔廉坦承犯了错误，一是签署的时机不对，其次是內容待商榷。高孔廉认为，服贸协议卡关，扼杀了相当多的机会，让台湾金融业无法进一步进军大陆，连带影响到台商。