当前各种破坏、污染长江生態环境的违法犯罪行为时有发生，此次深入打击整治的重点包括：直接向长江倾倒固体、液体废物的行为；向长江偷排有毒有害废水的；向长江岸坡、滩涂倾倒废物的；在长江取水口周围非法排污污染饮用水水源的；在水生生物保护区排放、倾倒、处置有毒有害物质的；在长江岸坡、滩涂、港汊违规处置有毒有害物质的。