沙中线最新的造价估算中外在因素佔额外工程开支约70%，包括宋皇台站工地的考古发现、湾仔北一带延迟或未能完整交接工地、为包括会展站日后车站上盖发展而未纳入工程开支的额外地基工程。同时，沙中线亦受到香港其他基建工程面对的挑战，包括劳工短缺及不利地质等情况。