法律冲突是粤港澳大湾区区域规划面临的重要问题。三种不同法律制度下开展的区府合作和经贸合作，不仅仅是静态意义上的民商事、经济管理等方面的法律制度冲突，更是三地在立法权、司法权、执法权行使上的冲突。因此，构建粤港澳大湾区合作的法律框架和法制机制是当务之急。